Te digo lo que yo hago para cambiar la configuración de LILO: entro en una consola, hago un login como root (con el comando su) y ejecuto:

gedit /etc/lilo.conf

Hago los cambios que necesite hacer, los guardo, cierro GEdit y ejecuto:

lilo -v

Esto actualiza dichos cambios en el MBR del disco duro ...